Guia prático para empresas que atendem em mais de uma cidade: regra geral, exceções da LC 116 e passos para evitar cobrança duplicada.
Você presta serviços em mais de um município e fica em dúvida sobre onde pagar o ISS?
Essa pergunta aparece quando a empresa cresce e passa a atender clientes fora da própria sede.
Consultorias, TI, manutenção, engenharia, treinamentos, eventos e serviços recorrentes vivem isso todo mês.
Nesse movimento, surge um risco caro: duas prefeituras exigirem o mesmo imposto.
É aí que nasce a bitributação de ISS, o pagamento duplicado de ISS sobre um único serviço, com impacto direto na margem e possibilidade de autuações.
A boa notícia é que esse problema tem causa previsível e solução prática.
Quando você entende a regra legal, reconhece as exceções e documenta a operação, reduz o risco de cobrança em duplicidade.
A seguir, você verá onde o ISS deve ser recolhido segundo a Lei Complementar 116/2003, por que os conflitos aparecem em serviços intermunicipais e como evitá-los.
O que é bitributação de ISS e por que ela acontece?
Bitributação significa que dois municípios cobram ISS sobre o mesmo fato gerador.
Embora o sistema não permita isso, o conflito surge porque prefeituras interpretam de forma diferente o “local do serviço”, sobretudo quando a execução ocorre fora da sede.
Na prática, a bitributação de ISS costuma vir de três fontes:
- Serviço prestado em outra cidade, com deslocamento de equipe;
- Retenção na fonte pelo tomador em município diferente do recolhimento do prestador;
- Enquadramento incorreto nas exceções do art. 3º da LC 116.
Por isso, antes de faturar, você precisa separar regra geral de exceção.
Regra geral do ISS: imposto no município do prestador
A LC 116/2003 determina que o ISS é devido no município do estabelecimento prestador.
Então, se sua empresa está organizada para prestar serviços a partir de Brasília, o imposto tende a ser recolhido em Brasília, mesmo que o cliente esteja em outro município.
“Estabelecimento prestador” é a unidade econômica onde existe estrutura real para prestar o serviço: gestão, equipe e meios operacionais.
Em termos simples: onde a empresa funciona para executar o contrato.
Exemplo: uma consultoria sediada no DF atende um cliente em Goiânia sem manter base local.
O serviço é coordenado a partir da sede. Assim, o ISS segue a regra geral, evitando que o município do cliente cobre apenas por ser o tomador.
Mas a lei prevê casos em que essa lógica muda.
Exceções do art. 3º: quando o ISS vai para o município da execução
O art. 3º da LC 116 lista hipóteses em que o ISS é devido no município onde o serviço é executado (ou onde está o bem diretamente ligado à prestação).
Essas exceções normalmente envolvem serviços fisicamente vinculados ao território.
Entre as situações mais comuns:
- Construção civil e serviços de engenharia ligados à obra;
- Limpeza, conservação, facilities e vigilância no local do tomador;
- Serviços relacionados a imóveis;
- Transporte municipal.
Nesses casos, o município da execução tem competência.
Se sua empresa realiza uma obra em outra cidade, o ISS costuma pertencer à prefeitura da obra.
A bitributação de ISS aparece quando o prestador recolhe na sede por engano e o município da execução cobra de novo.
Logo, o que define o local do ISS não é a vontade da prefeitura, e sim o enquadramento do serviço na lei.
Como evitar a bitributação de ISS, na prática?
A seguir, um roteiro simples para operações em múltiplos municípios:
- Enquadre o serviço antes de emitir a nota: confirme se a atividade cai na regra geral ou em alguma exceção do art. 3º. Essa decisão deve acontecer antes do faturamento.
- Comprove o estabelecimento prestador: mantenha cadastros atualizados e guarde evidências da sua estrutura real: sede operacional, equipe, despesas e registros que mostram onde a prestação é organizada.
- Quando houver exceção, prove a execução local: registre ordens de serviço, relatórios, diários de obra, laudos, aceite do cliente e cronogramas. Assim, você demonstra onde a execução ocorreu.
- Alinhe retenção na fonte com o tomador: defina no contrato se haverá retenção, em qual município e com base em qual hipótese legal. Esse alinhamento evita recolhimento duplo sem perceber.
- Reaja cedo a cobranças duplicadas: se um segundo município autuar sua empresa, reúna documentos e apresente defesa administrativa. Em paralelo, avalie restituição ou compensação no município indevido.
Três cenários comuns
- Serviços intelectuais/digitais sem base local (consultoria, software, marketing, treinamento): em geral, ISS na cidade do prestador;
- Serviços com execução física vinculada ao território (obra, instalação, vigilância, limpeza): normalmente seguem o município da execução;
- Operação recorrente com estrutura permanente em outra cidade: se existir unidade econômica real, aquele local pode contar como estabelecimento prestador.
Esses cenários cobrem a maior parte dos casos de bitributação de ISS em empresas que prestam serviços intermunicipais.
Faça o ISS trabalhar a favor do seu crescimento
A bitributação surge quando a empresa amplia mercado e começa a atender mais cidades.
Se o ISS é tratado sem método, a margem paga a conta: recolhimento duplicado, perda de competitividade e disputas longas com prefeituras diferentes.
O caminho seguro é previsível: identificar o enquadramento correto, definir o município competente, alinhar retenções e organizar provas antes que o problema comece.
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Se você presta serviços em múltiplos municípios e quer recolher no lugar certo com segurança, converse com um time especializado.
